當系統啟動時, BIOS 從第一個磁碟(或從軟碟)讀取磁區 0 (一般通稱的 MBR - Master Boot Record, 主啟動磁區)並跳至在該處的程式碼 - 通常是一些啟動載入程式(bootstrap loader)． 這些小小的啟動程式一般不會有自己的磁碟驅動程式而會使用 BIOS 所提供的服務．這意謂著只有整個 Linux 核心都位於開頭的 1024 個磁簇內時才能夠被啟動．
這個問題很容易解決: 確定核心(也許還包括其它啟動時用到的檔案, 像是 LILO map 檔) 是放在一個 BIOS 可以存取的到, 全都在開頭的 1024 個磁簇內的分割區裡 - 這可以(可能)是第一個或第二個磁碟．
另一點是啟動載入程式與 BIOS 必須同意彼此對磁碟邏輯(geometry)上的看法．
給 LILO `linear' 這個選項參數可能會有些幫助．細節後述．